プロテスタント、カトリック、正教会といった教派の区分けをせず、キリスト教という大きなくくりでまとめてあります。
1549年
- 8月15日、ザビエルが鹿児島市祇園之洲町に来着。キリスト教の布教を開始する。
1582年
- 九州のキリシタン大名、大友義鎮（宗麟）・大村純忠・有馬晴信の名代としてローマへ派遣された4名の少年が、天正遣欧使節（てんしょうけんおうしせつ）として長崎を出発。
1587年
- 7月24日、豊臣秀吉が筑前箱崎においてバテレン追放令を出す。（キリスト教宣教と南蛮貿易に関する禁制文書）
1597年
- 豊臣秀吉により、長崎で宣教師や信徒ら26人が処刑される。
1603年
- 江戸時代の始まり。
1612年
- 4月21日、江戸幕府が岡本大八事件を受け、直轄地である江戸・京都・駿府などでキリスト教を禁止。幕府の直轄地に対する禁教令を布告（国々御法度）。
1614年
- 高山右近らキリシタンがマカオへ国外追放される。
1622年
- 江戸幕府がキリシタン信徒55人を長崎で処刑する。
1629年
- 長崎で踏み絵が行われる。
1637年
- 島原の乱が起きる。
1639年
- 三代将軍・徳川家光により、ポルトガル船の来航禁止が命じられる。
1671年
- 幕府により宗門人別改帳（しゅうもんにんべつあらためちょう）の作成が行われる。
1859年
- アメリカからヘボンら宣教師が来航。
1864年
- 大浦天主堂が完成。（日本に現存する最古のキリスト教建築物）
1865年
- 3月17日（太陽暦）、隠れキリシタンが大浦天主堂でプティジャン神父に、密かに信仰を守ってきたことを告げる。
1867年
- 江戸時代の終わり。
1868年
- 浦上キリシタンが弾圧される（浦上四番崩れ）。この出来事がキリスト教圏諸国から非難を受け、1873年の禁教廃止へとつながる。
1873年
- キリシタン禁制が廃止される。
1880年
- 1875年から1880年にかけて組織的に翻訳された新約聖書の日本語訳が出版される。
1891年
- 正教会の教会、東京復活大聖堂（ニコライ堂）が完成。1929年に修復され、国の重要文化財に指定される。
1936年
- 聖路加国際大学聖ルカ礼拝堂が竣工。中世ヨーロッパ風の教会建築。
1941年
- 6月24日、宗教団体統制を目的とした政府の要請により、日本基督教団が設立。日本国内のプロテスタント33教派が合同して成立した合同教会。
1954年
- カトリック碑文谷教会が竣工。
1964年
- 12月、カトリック関口教会の東京カテドラル聖マリア大聖堂が竣工。
1978年
- カトリックとプロテスタントによる共同訳聖書が出版される。
